Se desconoce la causa exacta de su muerte, pero se cree que fue un ataque cardíaco Debido a las duras condiciones que estaba soportando. Fue encontrado muerto cerca de su tienda, y su cuerpo fue enterrado bajo un disco de nieve.
Es importante tener en cuenta que la teoría de Wegener de la deriva continental, que propuso en 1912, no fue ampliamente aceptada durante su vida. Murió un científico relativamente desconocido, pero su teoría innovadora finalmente demostró ser correcta, y ahora se lo considera una de las figuras más importantes en la historia de la geología.