* "El crimen de Cuenca" (1982), novela histórica sobre un error judicial de principios del siglo XX.
* "La hija de la española" (1994), novela histórica sobre la vida de una española que emigra a la Argentina en el siglo XIX.
* "El caballero del jubón amarillo" (2001), novela histórica sobre la vida de Juan de la Cruz, místico español del siglo XVI.
* "El sueño del Inca" (2006), novela histórica sobre la vida de Tupac Amaru II, un líder inca del siglo XVIII que encabezó una rebelión contra los españoles.
* "La vida amorosa de Federico García Lorca" (2011), biografía del poeta español Federico García Lorca, centrada en sus relaciones con los hombres.
Además de sus novelas, Ballesteros también ha escrito varios libros de no ficción, entre ellos:
* "La historia del Madrid" (1989), una historia de la capital española.
* "La España del descubrimiento" (1992), una historia de España durante la Era de los Descubrimientos.
* "La América española" (1995), una historia de América Latina.
La obra de Ballesteros ha sido traducida a más de 20 idiomas y ha ganado numerosos premios por sus escritos, incluido el Premio Nacional de Narrativa (1982), el Premio Planeta (1994) y el Premio Alfaguara (2006). Es miembro de la Real Academia Española, la Real Academia Española.