Es mejor conocido por el diario que llevó entre 1660 y 1669, ahora reconocido como una de las fuentes primarias más importantes de la historia social de la Inglaterra del siglo XVII.
Nacido en un estatus social modesto pero educado en los clásicos en el Magdalene College de Cambridge, Pepys disfrutó del patrocinio de parientes importantes y de su propia capacidad para ascender en la función pública.
Se convirtió en miembro del Parlamento de Castle Rising y Tánger, tesorero de Tánger, secretario de actas de la Junta de la Marina, secretario del Almirantazgo, presidente de la Royal Society y maestro de Trinity House.
Su famoso diario proporciona una gran cantidad de información sobre la cultura y la sociedad de su época, incluidos relatos de testigos presenciales de algunos de los principales acontecimientos de la época, incluido el Gran Incendio de Londres.
La carrera de Pepys también refleja sus conexiones con el tribunal de la Restauración y las batallas políticas que tuvieron lugar durante ese período.
Después de 1669, no pudo seguir llevando su diario debido a problemas de visión.
También enfrentó críticas públicas y fue destituido de su cargo en 1679 por una falsa acusación de ser un simpatizante católico.
Más tarde fue exonerado y sirvió nuevamente como Secretario del Almirantazgo de 1684 a 1689, ayudando a asegurar la Marina para Guillermo de Orange durante la Revolución Gloriosa.
Pepys murió en 1703, dejando su biblioteca y manuscritos al Magdalene College, Cambridge, donde permanecen hoy.
Su diario ha sido transcrito, editado y publicado en numerosas ediciones y sigue siendo estudiado y admirado por su valor histórico y literario.