Johann Pachelbel nació el 1 de septiembre de 1653 en Nuremberg. No se sabe mucho sobre su infancia y educación, excepto que estudió música con el compositor Heinrich Schwemmer, maestro de capilla en la escuela St. Sebaldus. En 1673 se matriculó en la Universidad de Altdorf para estudiar teología, pero al año siguiente aceptó su primer trabajo, como organista de la catedral de San Esteban en su ciudad natal.
Cuando Schwemmer murió en 1692, la reputación de Pachelbel como músico estaba firmemente establecida y ocupó el lugar de su antiguo tutor como Kapellmeister en St. Sebaldus, encargándose también de la formación de los niños del coro de la escuela de al lado. Tres años más tarde publicó el primero de ocho volúmenes de obras corales sacras, Musikalische Sterbens-Gedancken, que sería la única música impresa de su vida. También en este año Pachelbel se casó con Barbara Gabler, hija del comerciante de vinos de Núremberg Christoph Gabler.
En 1695, pocos meses después de convertirse en padre por primera vez, Pachelbel fue repentinamente despedido de St. Sebaldus y abandonó Nuremberg. No queda información sobre los motivos de su abrupto despido, pero fue una experiencia traumática para Pachelbel, ya que nunca se instaló en un puesto permanente durante el resto de su carrera.
Después de varias paradas, la vida de Pachelbel se estabilizó en 1699, cuando obtuvo el prestigioso puesto de organista y profesor en la Predigerkirche (Iglesia de los Predicadores) de Erfurt, donde permanecería durante los siguientes once años. Allí no sólo cumplió con las funciones de su cargo, sino que también participó activamente en la organización e interpretación de música profana.
En 1703, Barbara, la esposa de Pachelbel, dio a luz al último y mayor de sus siete hijos, Wilhelm Hieronymus, quien siguió los pasos musicales de su padre y se convirtió en un eminente organista y compositor. Cuando el duque de Sajonia-Eisenach murió en 1707, se pidió a Pachelbel que compusiera una cantata conmemorativa para la ocasión, que se interpretó por primera vez el 15 de agosto de 1707.
En 1704, la esposa de Pachelbel murió repentinamente, dejándolo con siete hijos pequeños que cuidar. La carrera de Pachelbel alcanzó su apogeo durante el siglo XVIII; sin embargo, en 1705 su vida dio un giro inesperado e infeliz cuando su hija Catharina Barbara dio a luz a un hijo ilegítimo. Catharina Barbara se vio obligada a abandonar su hogar y se convirtió en sirvienta en la casa del duque de Sajonia-Eisenach. A pesar de este incidente, Pachelbel mantuvo buenas relaciones con el duque, quien le concedió una pensión anual que complementaba los ingresos del organista.
Unos años más tarde, Pachelbel aceptó un nuevo puesto como organista en la iglesia de San Miguel de Hamburgo. Apenas había asumido sus nuevas funciones cuando murió de un derrame cerebral en marzo de 1706, a la edad de cincuenta y dos años, pocos días antes de su primer aniversario como organista en la Iglesia de San Miguel.
Hoy en día, Johann Pachelbel es conocido principalmente por sus obras para órgano, especialmente el preludio coral de “Vom Himmel hoch da komm ich her” y la Chacona en fa menor, y por el Canon y la Giga en re mayor para tres violines y continuo. También fue un distinguido compositor de obras vocales sacras y seculares, incluidos más de 200 conciertos sacros, numerosas misas y motetes.