Hay 25 Naturalezas diferentes en el juego, cada una con sus propios efectos positivos y negativos en estadísticas específicas. Por ejemplo, un Pokémon con naturaleza resistente no tiene ajustes de estadísticas, mientras que uno con naturaleza alegre tiene un aumento en su velocidad y una disminución en su ataque especial.
Comprender y gestionar las Naturalezas es crucial para construir un equipo Pokémon eficaz, ya que pueden afectar las fortalezas y debilidades generales del Pokémon. Los jugadores pueden encontrar y reclutar Pokémon con naturalezas específicas mientras exploran mazmorras o usan la función Wonder Mail para conectarse con otros jugadores.