Groudon (tipo tierra)
* Encontrado en la Cueva del Origen después de derrotar a Elite Four y convertirse en Campeón.
* Sólo se puede capturar después de obtener el Orbe Rojo.
Kyogre (tipo agua)
* Encontrado en la Cueva del Origen después de derrotar a Elite Four y convertirse en Campeón.
* Sólo se puede capturar después de obtener el Orbe Azul.
Rayquaza (tipo Dragón/Volador)
* Se encuentra en el Sky Pillar después de que Groudon y Kyogre son derrotados.
* Solo se puede capturar después de obtener el Orbe Rojo y el Orbe Azul.
Regirock (tipo roca)
* Se encuentra en el antiguo templo en el desierto, al que se puede acceder después de obtener las tres llaves Regi.
* Debes activar el templo usando las llaves en un orden específico.
Regice (tipo hielo)
* Se encuentra en el antiguo templo en el desierto, al que se puede acceder después de obtener las tres llaves Regi.
* Debes activar el templo usando las llaves en un orden específico.
Registeel (tipo acero)
* Se encuentra en el antiguo templo en el desierto, al que se puede acceder después de obtener las tres llaves Regi.
* Debes activar el templo usando las llaves en un orden específico.
Latias (tipo Dragón/Psíquico)
* Se encuentra en la Isla Sur después de obtener la Flauta Eon.
*Solo disponible después de obtener la Flauta Eon.
Latios (tipo Dragón/Psíquico)
* Se encuentra en la Isla Sur después de obtener la Flauta Eon.
*Solo disponible después de obtener la Flauta Eon.
Jirachi (tipo acero/psíquico)
* Se encuentra en la Casa del Wishmaker después de obtener la Piedra Estelar.
* Este es un encuentro poco común y necesitarás usar la Piedra Estelar para despertarlo.
Mew (tipo psíquico)
* Técnicamente no se puede obtener mediante el juego normal. Requiere un dispositivo de falla o trampa para adquirirlo.
Nota: Si bien técnicamente puedes obtener Mewtwo En Pokémon Esmeralda, no es un encuentro legendario. Se puede encontrar en la Mansión Pokémon abandonada en el área de Slateport City.