La historia del juego gira en torno al "Imperio Eggman". un grupo de robots y monstruos controlados por el Dr. Eggman. Este imperio está compuesto por varios "súbditos de Eggman", cada uno con habilidades y apariencias únicas.
Mientras que algunos de estos minions, como el "Egg Pawn" y "Avispón de huevo" Son familiares, otros son más misteriosos. Los más comúnmente conocidos como "monstruos misteriosos" incluyen:
* "Huevo de Cerbero": Un robot con forma de perro de tres cabezas y un potente taladro.
* "Huevo Golem": Un robot enorme y lento con un gran martillo.
* "Rey del Huevo": Un robot gigante con forma de trono y potentes láseres.
Estos son sólo algunos ejemplos, y muchos otros robots y monstruos únicos y sin nombre aparecen a lo largo del juego, lo que aumenta el misterio y la intriga.
Entonces, si bien no hay un solo "monstruo misterioso", la presencia colectiva de estos personajes únicos e intrigantes contribuye a la atmósfera cautivadora y misteriosa de Sonic Heroes.