Sólo se puede jugar con él en el juego de 16 bits Sonic &Knuckles. , que se lanzó como un cartucho separado. Luego puedes colocar el cartucho de Sonic &Knuckles encima de un cartucho de Sonic the Hedgehog 3 para desbloquear la función "Lock-on" , permitiéndote jugar como Knuckles en una nueva versión del juego.
Si bien Knuckles no se puede jugar directamente en Sonic 3, sí aparece como un personaje jefe en el juego.