1. Dialga liberará los Time Gears que había absorbido, restaurando el flujo del tiempo a la normalidad.
2. El jugador y su compañero regresarán a Treasure Town.
3. Dialga aparecerá y explicará al jugador y a su compañero que sus acciones fueron necesarias para evitar una catástrofe mayor. Él revela que una fuerza conocida como "Materia Oscura" ha estado manipulando el tiempo y causando diversas distorsiones y fallos en el mundo.
4. Dialga encarga al jugador y a su compañero la tarea de detener la Materia Oscura.
5. Después de esta conversación, la historia continuará con el jugador y su compañero explorando mazmorras, luchando contra Pokémon y reclutando nuevos miembros para el equipo mientras trabajan para descubrir la verdad detrás de Dark Matter y poner fin a sus nefastos planes.