Si bien Master Ball es un elemento básico en la mayoría de los juegos de Pokémon, está notablemente ausente en Pokémon Colosseum y su secuela, Pokémon XD:Gale of Darkness. Esta decisión probablemente se tomó para enfatizar el enfoque del juego en capturar Pokémon mediante el uso del sistema "Snap", que implica debilitar la resolución de los Pokémon en lugar de simplemente noquearlos.
La falta de una Master Ball en Colosseum y XD se suma al desafío único del juego y alienta a los jugadores a dominar el arte de capturar Pokémon sin la ayuda de este objeto dominado.