* Kriptonita: Este mineral radiactivo del planeta natal de Superman, Krypton, es su debilidad más famosa. La exposición a la kriptonita debilita a Superman, enfermándolo y haciéndolo susceptible a sufrir lesiones. Los diferentes tipos de kriptonita tienen diferentes efectos, algunos son más mortales que otros.
* Magia: Si bien Superman es increíblemente fuerte, ha mostrado vulnerabilidad a la magia. Los personajes con habilidades mágicas han podido herir a Superman, incluso cuando por lo demás es invencible.
* Radiación del Sol Rojo: Los poderes de Superman son impulsados por el sol amarillo de la Tierra. La exposición a la radiación del sol rojo, como la de su planeta natal, Krypton, lo debilita y eventualmente agota sus poderes por completo.
* Ciertos ataques de base psicológica: Si bien Superman es increíblemente resistente, puede ser vulnerable a ataques psicológicos. Algunos villanos han podido explotar sus emociones humanas y su sentido de la moralidad, haciéndolo cuestionar sus acciones y debilitarlo momentáneamente.
Es importante recordar que las vulnerabilidades de Superman se han explorado y retratado de manera diferente a lo largo de los años, según el escritor y la historia que se cuenta.