Esto es lo que pasó:
* Voldemort intentó robar la Piedra: Creía que le otorgaría la inmortalidad y un cuerpo físico.
* Harry y Quirrell pelearon por la Piedra: En el enfrentamiento final, Quirrell fue poseído por Voldemort.
* La Piedra fue destruida accidentalmente: Durante la lucha, el toque de Quirrell hizo que la Piedra se desintegrara en polvo.
Entonces, si bien Harry no tenía como objetivo destruir la Piedra, sus acciones (o más bien, las acciones de Voldemort dentro de Quirrell) llevaron a su desaparición.