1. Recoge las siete Esmeraldas del Caos: Estos están dispersos por los niveles del juego y los necesitas todos para llegar a la batalla final.
2. Enfréntate a Dark Gaia al final del juego: Después de recolectar las siete Chaos Emeralds, te enfrentarás a Dark Gaia en su verdadera forma, una enorme bestia de múltiples cabezas.
3. Usa el poder de las Chaos Emeralds: Usarás el poder combinado de las Esmeraldas para purificar a Dark Gaia. Esto implica el uso de la forma "Super Sonic", que se desbloquea al recolectar las siete Chaos Emeralds.
4. Realizar la purificación: Mientras estés en forma Super Sonic, desatarás un poderoso ataque contra Dark Gaia. Este ataque no mata a Dark Gaia, sino que la purifica, restaurando el equilibrio del mundo y devolviéndolo a su forma original.
La historia del juego se centra en la idea de restauración. en lugar de matar directamente. Dark Gaia, aunque destructiva, es en última instancia parte del equilibrio del mundo y el objetivo es devolverlo al lugar que le corresponde.