* Piano: Ha mencionado tocar el piano en entrevistas e incluso lo ha tocado en algunos de sus papeles.
* Guitarra: Se le ha visto tocando la guitarra en algunas de sus apariciones televisivas e incluso ha actuado con una banda.
* Batería: Ha demostrado sus habilidades con la batería en algunas apariciones.
* Ukelele: Tiene un ukelele en su casa y ha mostrado interés en aprenderlo.
Si bien no es un músico profesional, Neil Patrick Harris parece disfrutar tocando varios instrumentos por diversión e incluso los ha incorporado a su trabajo.