Petrucci ha utilizado guitarras Ernie Ball Music Man desde principios de la década de 1990, y sus modelos exclusivos se encuentran entre las guitarras más populares del mundo. Sus modelos exclusivos incluyen el John Petrucci Majesty, el John Petrucci BFR y el John Petrucci JPX.
Ibáñez
Petrucci también utilizó guitarras Ibanez en los años 1980 y principios de los 1990. Su guitarra Ibanez más famosa es la Ibanez RG550, que utilizó en los dos primeros álbumes de Dream Theater.
Fender Stratocaster
Petrucci también ha utilizado guitarras Fender Stratocaster en ocasiones, especialmente para tonos limpios y de blues.