* Los cortos (1990) :Interpreta a un personaje llamado "El Capitán" en esta comedia negra sobre un grupo de soldados estacionados en Filipinas.
* Drácula de Bram Stoker (1992) :Interpreta el papel de Renfield, el paciente con trastornos mentales del Conde Drácula. Este fue un papel más destacado para él.
* La balada del pequeño Jo (1993) :Interpreta a un personaje misterioso llamado "El Predicador" en este drama occidental.
* Hombres misteriosos (1999) :Tiene un cameo como "The Sweeper" en esta comedia de superhéroes.
* Pez grande (2003) :Interpreta a "La Bruja" en la película de fantasía de Tim Burton.
Vale la pena señalar que Tom Waits es conocido principalmente por su carrera musical y solo ha aparecido en algunas películas. Tiende a elegir roles oscuros, excéntricos o poco convencionales.