Fue hallada muerta en su oficina en el Greenwich Village de la ciudad de Nueva York. Su muerte fue declarada homicidio , como resultado de estrangulamiento manual y traumatismo contundente en la cabeza .
El caso fue inicialmente tratado como un posible suicidio, pero una investigación posterior reveló que Shelly había sido asesinada por un trabajador de la construcción. llamado Diego Pillco .
Pillco, que había estado trabajando en el edificio donde se encontraba la oficina de Shelly, confesó el crimen y fue condenado por homicidio .
La muerte de Shelly fue una pérdida trágica para la industria cinematográfica y su legado continúa inspirando a los aspirantes a cineastas.