Tchaikovsky falleció el 6 de noviembre de 1893 (25 de octubre, según el antiguo calendario juliano ruso) de cólera, que en aquel entonces era un grave problema de salud pública y podía propagarse rápidamente si el agua infectada se consumía sin saberlo. Si bien esto puede parecer "inusual" para muchos hoy en día, los brotes de cólera no eran particularmente infrecuentes en ese momento.
En ese momento, hubo un brote de cólera en los alrededores de San Petersburgo (actual Leningrado en Rusia), donde residía Tchaikovsky. Lamentablemente contrajo la bacteria, que afectó gravemente su salud durante varios días y finalmente contribuyó a su muerte.
Para evitar especulaciones y controversias posteriores, el diagnóstico de los médicos indicó una probable infección por agua contaminada o alimentos sin hervir que Tchaikovsky podría haber consumido sin darse cuenta. No existen teorías inusuales sobre su fallecimiento, aparte de que la enfermedad le provocó la muerte.