En la novela, el Fantasma es un hombre deforme que usa una máscara para ocultar su rostro. Vive en las catacumbas debajo de la ópera y usa su genio musical para controlar a los cantantes de ópera y a los tramoyistas. El Fantasma se enamora de una joven soprano llamada Christine Daaé y se obsesiona con ella. Él la secuestra y la lleva a su guarida en las catacumbas. Christine finalmente escapa del Fantasma, quien desaparece en la noche.
El destino del Fantasma queda ambiguo en la novela. En la versión original francesa de la novela, se dice que el Fantasma se ahorcó en las catacumbas. Sin embargo, en la traducción al inglés, se dice que el Fantasma desapareció en las alcantarillas de París.