Televisión:
* Hombres que se portan mal (1992-1998): Esta comedia lanzó a Clunes al éxito general, interpretando al encantador y desafortunado Gary.
* Doc Martín (2004-presente): Quizás el papel más emblemático de Clunes, el del brusco pero adorable médico de la ciudad de Portwenn, en Cornualles.
* Reggie Perrin (2007-2009): Una nueva versión de la clásica comedia británica "El ascenso y la caída de Reggie Perrin".
* La gran evasión (2003): Una miniserie de dos partes donde Clunes interpretó a Roger Bushell.
* Jonathan Creek (2000-2016): Apareció en varios episodios de esta serie de misterio como el mejor amigo del personaje principal, el marido de Maddy.
* El comandante (1998-2000): Desempeñó el papel principal del comandante Jack Harper, un oficial de la Marina Real.
* Guillermo y María (2003-2010): Apareció como un personaje recurrente, el cuñado del personaje principal.
* El Palacio (2008): Interpretó el papel de un miembro de la Familia Real en esta serie de comedia satírica.
* Caza humana (2019): Interpretó al DCI Colin Sutton en esta serie de crímenes reales sobre la captura de Levi Bellfield.
* La nariz de la reina (2001): Prestó su voz al personaje del perro que habla, "Queen's Nose", en esta serie infantil.
Películas:
* Latido del corazón (1992): Clunes protagonizó la versión cinematográfica de la popular serie de ITV.
* Los Lagos (2000): Un thriller romántico donde Clunes interpreta a un hombre obsesionado con una mujer.
* La máquina del tiempo (2002): Interpretó el papel de Alexander Hartdegen, un científico que viaja al futuro.
* El último detective (2003): Un thriller de detectives basado en una serie de novelas del autor Michael Connelly.
* Tres y fuera (2011): Una película de comedia negra donde Clunes interpreta a un futbolista anciano.
* La leyenda de Barney Thomson (2015): Una comedia negra donde Clunes interpreta a un barbero que accidentalmente se convierte en un asesino en serie.
* SuperBob (2015): Interpretó a un hombre afable que se ve obligado a convertirse en un superhéroe.
Esta no es una lista exhaustiva, pero incluye algunos de sus proyectos más notables y conocidos.