Películas:
* Corazón Valiente (1995) - como "Morris"
* Los santos del Boondock (1999) - como "Murphy MacManus"
* Arrebatar (2000) - como "tapa de ladrillo"
* Gladiador (2000) - como "Cicerón"
* The Boondock Saints II:Día de Todos los Santos (2009) - como "Murphy MacManus"
* Ases humeantes (2006) - como "Darío"
* La última batalla (2013) - como "Burnett"
* Guardianes de la Galaxia (2014) - como "Fin Fang Foom" (voz)
* Hijos de la Anarquía (2014) - como "Filip "Chibs" Telford" (acreditado como "Tommy Flanagan")
* El hombre de hielo (2014) - como "El Profesor"
* La última cara (2016) - como "Jack"
* El gran Lebowski (1998) - como "Ultraman" (sin acreditar)
* La chaqueta (2005) - como "Don" (sin acreditar)
* Los tres mosqueteros (2011) - como "Rochefort" (sin acreditar)
Televisión:
* Hijos de la Anarquía (2008-2014) - como "Filip "Chibs" Telford"
* El Escudo (2004-2008) - como "Tommy"
* Los americanos (2013) - como "Arkadi Ivanov"
* Dioses americanos (2017-2021) - como "El chico técnico"
* Mayas M.C. (2018-presente) - como "Filip "Chibs" Telford"
* Westworld (2016-presente) - como "Martin Connells"
* La Extensión (2015-2022) - como "Camina Drummer"
* "La dimensión desconocida" (2019) - como "El Hombre"
* "El Brujo" (2023) - como "Martín"
Esta no es una lista exhaustiva, pero incluye algunos de sus papeles más notables. También ha tenido papeles en otros programas de televisión y películas, tanto importantes como independientes.
Tommy Flanagan es un actor respetado conocido por su presencia fuerte y, a menudo, amenazadora en la pantalla.