Películas:
* Flamencos rosados (1972): Waters interpretó el papel de "The Divine" en esta película clásica de culto.
* Vida desesperada (1977): También apareció como "The Divine" en esta película.
* Poliéster (1981): Waters interpretó el papel de "The Divine" y también dirigió esta película.
* Laca para el cabello (1988): Waters tuvo un cameo como empleado de una tienda de discos en esta película.
* Bebé llorón (1990): Hizo una breve aparición como director de escuela.
* Mamá en serie (1994): Waters interpretó el papel de "The Divine" en esta película.
* Pecker (1998): Apareció nuevamente como "The Divine" en esta película.
* Una vergüenza sucia (2004): Waters interpretó el papel de "The Divine" en esta película.
* Este mundo asqueroso (2006): Apareció en este documental sobre su vida y obra.
* Estación Fruitvale (2013): Waters hizo un cameo como reportero de noticias.
* La casa que construyó Jack (2018): Waters jugó un pequeño papel en esta película de Lars von Trier.
Televisión:
* Los Simpson (1991): Waters se expresó a sí mismo en el episodio "Homer Defined".
* Parque del Sur (1997): También se expresó a sí mismo en el episodio "Chef Aid".
* Los Soprano (2001): Waters tuvo un cameo como director de cine en el episodio "El cometa azul".
* Desarrollo arrestado (2003): Tuvo un pequeño papel en el episodio "La Inmaculada Elección".
* El show de Larry Sanders (1992-1998): Waters hizo algunas apariciones como él mismo en este programa.
* Betty la Fea (2006-2010): Apareció como él mismo en el episodio "El mundo de Ugly Betty".
* RuPaul's Drag Race (2010-presente): Waters ha hecho numerosas apariciones como juez invitado en este programa.
Si bien sus apariciones en otros proyectos son limitadas, John Waters es más famoso por sus películas únicas e influyentes.