- Premio de Honor Newbery por "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2011)
- Premio de Honor Theodor Seuss Geisel por "Stink and the Ultimate Showdown" (2009)
- Medalla de Jóvenes Lectores de California por "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2012)
- Premio del Libro Infantil de Rhode Island por "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2012)
- Premio del Libro Infantil de Georgia por "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2013)
- Premio Iowa Children's Choice por "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2013)
- Premio al libro infantil de la Asociación de Lectura del Estado de Keystone por "Judy Moody and the Not Bummer Summer" (2013)
Además de estos, Megan McDonald también ha sido reconocida por la Asociación Estadounidense de Bibliotecas, la Sociedad de Escritores e Ilustradores de Libros Infantiles y la Asociación Nacional de Educación por sus contribuciones a la literatura infantil.