El padre de Bruno es ascendido a comandante de Auschwitz y la familia se traslada al campo de concentración. Bruno está confundido y molesto por los cambios en su vida. No entiende por qué tiene que dejar atrás a sus amigos y su hogar, y no comprende qué le está pasando a la gente en el campo de concentración.
Bruno conoce a Shmuel.
Un día, Bruno está explorando los terrenos del campo de concentración cuando ve a un niño al otro lado de la valla. El niño lleva un pijama de rayas y parece muy triste. Bruno empieza a hablar con el niño y se hacen amigos. Shmuel le cuenta a Bruno sobre su vida en el campo de concentración y Bruno comienza a comprender los horrores de lo que está sucediendo.
Bruno se cuela en el campo de concentración.
Un día, Bruno decide colarse en el campo de concentración para visitar a Shmuel. Se pone un pijama a rayas y atraviesa la valla. Bruno encuentra a Shmuel y pasan el día juntos. Juegan, hablan y ríen. Bruno se da cuenta de que incluso en los tiempos más oscuros todavía hay esperanza.
Bruno y Shmuel mueren.
Al día siguiente, los nazis capturan a Bruno y Shmuel. Los llevan a una habitación y les aplican una inyección letal. Bruno y Shmuel mueren juntos y sus cuerpos son quemados en el crematorio.
El niño con el pijama de rayas es una poderosa y conmovedora historia sobre el Holocausto. Es una historia sobre la amistad, la inocencia y el poder de la esperanza.