Esto es lo que sabemos sobre su producción musical:
* Era principalmente un músico de iglesia. Probablemente esta sea la razón por la que la mayoría de sus composiciones estaban destinadas a servicios religiosos, como cantatas, motetes y obras para órgano.
* Se cree que escribió varias cantatas y corales. Desafortunadamente, ninguno de estos se ha conservado.
* También escribió algunas piezas para teclado. Algunos de ellos todavía se conservan, incluidos "Allein Gott in der Höh sei Ehr" y "Christ lag in Todesbanden", que se consideran ejemplos tempranos de la música barroca para órgano.
Es fundamental recordar que nuestro conocimiento de la obra de Johann Christoph Bach es muy limitado debido a la falta de manuscritos supervivientes. Por tanto, es imposible proporcionar una lista completa de sus composiciones.
Sin embargo, las obras supervivientes ofrecen información valiosa sobre el entorno musical en el que creció y fue influenciado por Johann Sebastian Bach.