A lo largo de la novela, Jim y sus amigos, incluidos el Dr. Livesey y Squire Trelawney, se embarcan en un peligroso viaje para encontrar el tesoro antes que la tripulación de Silver. El conflicto se intensifica a medida que se enfrentan a diversos obstáculos, incluidas tormentas, terrenos traicioneros y enfrentamientos con los piratas. El choque final ocurre cuando los piratas se amotinan e intentan tomar el control del barco, lo que lleva a una batalla culminante entre Jim y sus aliados contra Silver y sus hombres.
En esencia, el conflicto en "La Isla del Tesoro" está impulsado por la búsqueda de riqueza y avaricia, así como por la lucha por el poder y el control. Las motivaciones y deseos de los personajes los ponen en desacuerdo entre sí, creando suspenso y tensión a medida que se desarrolla la historia. Además, el conflicto resalta el tema del bien contra el mal, ya que Jim y sus amigos representan la honestidad y la lealtad, mientras que Silver y su equipo encarnan el engaño y la traición.