- 1987 - Hombres en la oscuridad
- 1991 - El secreto de San Roque
- 1993 - La Cueva
- 1995 - Hijos de la oscuridad
- 1997 - Manila en las garras de la luz
- 1999 - Los años 70
- 2001 - Memorias de un Guardia Civil
- 2003 - Manila (Manila)
- 2005 - La era de los monstruos
- 2007 - El Primer Presidente
- 2009 - El viaje histórico de Apolinario Mabini
- 2011 - El último general
- 2013 - El Supremo (El Supremo)
- 2015 - La Commonwealth (La Commonwealth)
- 2017 - La República
- 2019 - La Nación
- 2021 - La Libertad
Colecciones de cuentos
- 1989 - Historias de Vidrio y Humo
- 1992 - La Historia (Escritos)
- 1994 - El libro de los cuentos
- 1996 - Escritos II
- 1998 - Escritos III
- 2000 - Escritos Seleccionados
- 2002 - Los Nuevos Escritos
- 2004 - Los escritos escogidos de Reynaldo Marcos Padua
- 2006 - El Cuento V (Escritos V)
- 2008 - Escritos VI
- 2010 - Escritos VII
- 2012 - Escritos VIII
- 2014 - Escritos IX
- 2016 - La Historia X (Escritos X)
Ensayos y artículos
- 2004 - La literatura de Filipinas (Literatura filipina)
- 2006 - La Historia de Filipinas (Historia de Filipinas)
- 2008 - La Cultura de Filipinas (Cultura Filipina)
- 2010 - La Sociedad Filipina
- 2012 - Política filipina
- 2014 - La economía filipina
- 2016 - Educación filipina
- 2018 - Salud de Filipinas
- 2020 - Tecnología filipina