Algunas de las diferencias clave entre el manga y el anime incluyen:
* El orden de los eventos es diferente. En el manga, algunos eventos suceden antes o después que en el anime. Por ejemplo, en el manga, Teito Klein conoce a Frau en el primer capítulo, mientras que en el anime no se encuentran hasta el episodio 8.
* Algunos personajes son diferentes. En el manga, hay algunos personajes que no aparecen en el anime y algunos personajes que aparecen en el anime no aparecen en el manga. Por ejemplo, el personaje de Ceres no aparece en el manga, mientras que el personaje de Mikage no aparece en el anime.
* El final es diferente. El manga y el anime tienen finales diferentes. En el manga, el viaje de Teito Klein y Frau concluye de manera diferente que en el anime.
En general, el manga y el anime 07-Ghost son dos interpretaciones distintas y separadas de la misma historia. Si bien comparten algunas similitudes, también existen muchas diferencias entre las dos versiones.