* Rex Goodwin: El líder de los Portadores Oscuros y el principal antagonista de la serie.
* Devack: El primer Portador Oscuro en aparecer y ex amigo de Yusei Fudo.
* Romano Goodwin: El hermano de Rex y el segundo Portador Oscuro en aparecer.
* Kalinin: Un Portador Oscuro ruso que utiliza una carta oscura para manipular a otros.
* Brumoso: Una mujer misteriosa que aparece como el quinto Portador Oscuro.
* Zona-uno: Un ser poderoso del futuro que orquesta los acontecimientos de la serie. Técnicamente no es un Portador Oscuro, pero tiene una fuerte conexión con ellos.
* Antinomia: Una figura enigmática que aparece junto a Z-one y también está conectada con los Portadores Oscuros.
Es importante tener en cuenta que, si bien los Portadores Oscuros son los principales antagonistas, Z-one y Antinomy son personajes más complejos con sus propias motivaciones.