- Música de orquesta:
- Conciertos de Brandeburgo (1721)
- Suites orquestales (1720-1723)
- Conciertos para violín (1717-1723)
- Música de teclado:
- El clave bien temperado (1722, 1744)
- Variaciones Goldberg (1741)
- Suites francesas (1722-1725)
- Invenciones y Sinfonías (1723)
- Música de órgano:
- Tocata y fuga en re menor (c. 1703-1707)
- Pasacalle y fuga en do menor (c. 1708)
- Preludio y fuga en sol mayor (c. 1730-1735)
- Música vocal:
- Pasión según San Mateo (1727)
- Pasión según San Juan (1724)
- Magníficat (1723)
- Oratorio de Navidad (1734-1735)
- Otras obras:
- Das Musikalische Opfer (La Ofrenda Musical) (1747)
- El arte de la fuga (c. 1749-1750)
- Cantatas (más de 200)
- Misas (6)