Durante la guerra, Yahiko, Nagato y Konan fueron testigos de los horrores de la guerra y decidieron que algún día crearían un mundo sin guerra ni dolor. Formaron Akatsuki, una organización dedicada a lograr la paz por cualquier medio necesario.
Inicialmente, Akatsuki era una pequeña organización que se centraba en ayudar a pequeñas aldeas y países que habían sido afectados por la guerra. Sin embargo, a medida que la organización creció en poder e influencia, comenzó a atraer la atención de las aldeas shinobi más grandes. Las aldeas comenzaron a ver a Akatsuki como una amenaza y comenzaron a tomar medidas contra la organización.
Como resultado de la presión de las aldeas, Akatsuki comenzó a cambiar. Se militarizó más y empezó a centrarse en obtener poder en lugar de lograr la paz. La organización comenzó a reclutar criminales de rango S y sus métodos se volvieron cada vez más despiadados.
Finalmente, Akatsuki fue derrotado por Naruto Uzumaki y sus amigos, y sus miembros se dispersaron por todo el mundo. Sin embargo, el legado de Akatsuki sigue vivo y sigue siendo un símbolo de los peligros del extremismo.