El clímax: Los X-Men, junto con sus aliados, se enfrentan a Sebastian Shaw y su equipo de villanos mutantes en un enfrentamiento final a bordo de un submarino nuclear. Erik Lehnsherr (Magneto) inicialmente busca venganza por las atrocidades cometidas contra los mutantes, amenazando con utilizar los misiles nucleares del submarino para destruir el mundo.
El punto de inflexión: Charles Xavier (Profesor X) interviene, apelando a la humanidad de Erik y recordándole que su verdadero objetivo es proteger a los mutantes, no destruir a la humanidad. Este momento de conexión entre los dos amigos cambia el rumbo de la batalla.
La victoria: Los X-Men, con la ayuda de Moira MacTaggert, logran desarmar los misiles y derrotar a Shaw y su equipo.
El final agridulce: Si bien han conseguido una victoria temporal, la película termina con una nota melancólica:
* La traición de Erik: Erik, a pesar de dejarse llevar por las palabras de Charles, todavía se siente profundamente herido por la persecución de mutantes y se aleja para comenzar su propio camino, lo que sugiere un posible conflicto futuro con Charles y los X-Men.
* La culpa de Charles: Charles queda desconsolado por la partida de Erik y carga con el peso de su propia culpa por la tragedia de la crisis de los misiles cubanos, que sin saberlo ayudó a evitar, pero a costa de miles de vidas.
* Comienza una nueva era: La película termina con la formación de los X-Men como un equipo dedicado a proteger tanto a humanos como a mutantes, pero con una sensación de incertidumbre sobre el futuro y la amenaza potencial que representa el creciente resentimiento de Erik Lehnsherr.
El final deja una pregunta pendiente: ¿Erik y Charles permanecerán en bandos opuestos o encontrarán una manera de salvar sus diferencias? Esta pregunta prepara el escenario para el futuro de la franquicia X-Men.